Activitățile METAGEN sunt organizate într-un pachet de lucru cu cinci activități, implementate de Universitatea de Medicină și Farmacie „Victor Babeș” din Timișoara (partener lider), Universitatea din Szeged și Asociația OncoHelp.

A1.1 – Înființarea Metagenomic Reference Center, Timișoara

Ce prevede proiectul: renovarea și dotarea unui spațiu dedicat metagenomicii la UMFVBT.

Stadiu: realizat. Lucrările de renovare s-au finalizat oficial la 17.12.2025, laboratoarele sunt dotate și funcționale, iar MRC funcționează în baza Autorizației sanitare de funcționare nr. 414/R/04.08.2026. Detalii pe pagina Metagenomic Reference Center.
A1.2 – Modernizarea Departamentului de Microbiologie Medicală, Universitatea din Szeged

Ce prevede proiectul: dotarea cu secvențiere Nanopore, TapeStation, IR Biotyper, Digital Droplet PCR și LC-MS/MS pentru monitorizarea terapeutică a antibioticelor.

A1.3 – Formare colaborativă și transfer de cunoștințe România–Ungaria

Ce prevede proiectul: echipa ROHU de experți (19 specialiști din România și 5 din Ungaria), 7 traininguri comune (Nanopore, IR Biotyping, LC-MS/MS) pentru minimum 60 de participanți și 2 workshop-uri (unul în România, unul în Ungaria), cu câte 20 de participanți, despre aplicațiile secvențierii metagenomice Nanopore în diagnosticul bolilor infecțioase. Grupul-țintă cuprinde microbiologi, medici de laborator, medici rezidenți și clinicieni, tehnicieni și cercetători din UMFVBT, din Universitatea din Szeged și din instituțiile medicale partenere. Selecția este transparentă și nediscriminatorie și asigură egalitatea de gen.

Stadiu (octombrie 2026): s-au desfășurat 3 traininguri comune, cu 37 de participanți din grupul-țintă (12 + 13 + 12), la care se adaugă experții invitați. Fiecare training a avut o sesiune teoretică online și o sesiune practică la sediu. Al patrulea training este programat la 29–30 octombrie 2026.

Data

Training

Loc

Participanți

28–29.04.2026

Oxford Nanopore Technology – secvențiere de nouă generație în timp real. Ziua 1, online: prezentarea proiectului METAGEN (Dr. Ovidiu Sîrbu, UMFVBT); metagenomică rapidă vs. aprofundată cu Nanopore (Dr. Isabel Abellán Schneyder, Oxford Nanopore Technologies); analiza bioinformatică a datelor genomice ale patogenilor (Dr. Marius Surleac, Institutul de Biochimie al Academiei Române); pregătirea rulării (Dr. Aimee Chiș, UMFVBT). Ziua 2, practic: pregătirea librăriilor, rulare MinION și analiză în timp real, clasificare taxonomică, identificarea genelor de rezistență.

Metagenomic Reference Center, Timișoara

12 specialiști ai Universității din Szeged

06–07.05.2026

IR Biotyper® System – diagnostic microbiologic avansat. Ziua 1, online: bazele spectroscopiei în microbiologia clinică și aplicațiile clinice ale IR Biotyper (Dr. László Orosz, Universitatea din Szeged); sistemul IR Biotyper (Dr. Sándor Turza, Flextra Inc.). Ziua 2, practic: pregătirea probelor, achiziția spectrelor, analiza datelor și interpretarea clusterelor.

Departamentul de Microbiologie Medicală, Universitatea din Szeged

13 specialiști ai UMFVBT

02–03.07.2026

Oxford Nanopore Technology – secvențiere de nouă generație în timp real. Ziua 1, online: prezentarea proiectului (Dr. Ovidiu Sîrbu); metagenomică rapidă vs. aprofundată cu Nanopore (Dr. Ibrahim Avi Cemel, Oxford Nanopore Technologies); pregătirea rulării (Dr. Aimee Chiș). Ziua 2, practic: pregătirea librăriilor, rulare MinION, analiza datelor.

Metagenomic Reference Center, Timișoara

12 specialiști ai Universității din Szeged

29–30.10.2026

Oxford Nanopore Technology – training programat.

Metagenomic Reference Center, Timișoara

12 locuri

Toți participanții au primit certificate de participare. Transportul, cazarea și diurna participanților au fost acoperite din bugetul proiectului.

„Presupusesem că noi vom fi în principal cei care primesc expertiză. În schimb, tinerii  noștri îi învățau pe colegii maghiari cum să pregătească librăriile și să lucreze cu platforma.” – Prof. univ. dr. Iulia Andreea Pînzaru
A1.4 – Colectarea și analiza specimenelor clinice

Ce prevede proiectul: 8.000 de specimene clinice (izolate bacteriene, fecale, urină, sânge, spută, lavaj bronșic, tampoane nazale și orofaringiene) de la pacienți cu infecții asociate asistenței medicale sau cu patogeni rezistenți. 4.000 se analizează la Metagenomic Reference Center: identificarea agenților patogeni la nivel de specie, identificarea genelor de rezistență, evaluarea riscului de patogeni multirezistenți și păstrarea în biorepository-ul METAGEN (ADN purificat și metadate). 4.000 se analizează la Universitatea din Szeged, inclusiv prin IR Biotyping și monitorizare terapeutică (LC-MS/MS). Se elaborează protocoale metagenomice pentru principalele tipuri de probe.

Stadiu: MRC analizează probe primite de la cele patru spitale clinice partenere din Timișoara și de la Asociația OncoHelp, în principal izolate bacteriene, dar și alte tipuri de material biologic. În paralel se desfășoară programul de supraveghere a apelor uzate de spital, cu probe colectate săptămânal de Aquatim.
A1.5 – Baza de date ARG și Planul de acțiune AMR România–Ungaria

Ce prevede proiectul: o bază de date transfrontalieră a genelor de rezistență la antibiotice (secvențe, metadate clinice, date geografice și epidemiologice), accesibilă pentru medicina umană, medicina veterinară și studiile de mediu; un Plan de acțiune AMR România–Ungaria, cu strategii de control al infecțiilor și de utilizare prudentă a antibioticelor, elaborat împreună de toți partenerii; cel puțin 2 articole științifice cu acces deschis.

Comunicare și vizibilitate

Proiectul prevede: un roll-up, 10 postere, 10 postări pe rețelele sociale, 7 comunicate de presă despre progresul proiectului, autocolante pe echipamente și panouri informative la sediile celor trei parteneri.

Documente – selecția grupului-țintă, training SZTE, mai 2026